Multiple Sequence Alignment (MSA) merupakan proses penting dalam analisis sequence biologi dengan melalukan perbandingan pada sejumlah sequence biologi. Pada beberapa algoritma MSA (seperti pada CLUSTALW, misalnya), pembentukan phylogenetic tree sebagai guidence dalam proses alignment memiliki peran penting dalam menentukan akurasi hasil akhir alignment. Dari keseluruhan proses MSA, pembentukan phylogenetic tree memerlukan waktu komputasi yang meningkat seiring dengan peningkatan jumlah sequence. Komputasi score similaritas untuk semua kombinasi pasangan sequence yang dilaksanakan secara berurutan menjadi masalah pada waktu komputasi. Tugas Akhir ini meneliti potensi efisiensi komputasi phylogenetic tree secara paralel dan terdistribusi pada lingkungan Hadoop menggunakan mapreduce. Hasil penelitian menunjukkan phylogenetic tree dapat dibangun dengan menggunakan komputasi mapreduce.