Indonesia merupakan negara kepulauan dengan lebih dari 70% wilayahnya terdiri dari perairan dan aliran sungai yang melimpah. Karena kondisi geografis tersebut, banyak dari masyarakat indonesia yang masih menggantungkan transportasi air sebagai sarana transportasi utama penyebrangan. Namun banyak dari transportasi penyebrangan di indonesia masih menggunakan sistem kendali manual dengan dibantu tenaga manusia untuk mengendalikan titik arah tujuan dari boat.
Berdasarkan permasalahan tersebut, dirancang sebuah prototype sistem kendali dan tracking pada mesin boat yang dapat digunakan sebagai sistem kendali otomatis (autopilot) pada transportasi air. Sistem ini dirancangan menggunakan sistem waypoint control yang dapat bernavigasi secara otomatis menuju suatu lokasi yang telah ditentukan sebelumnya. Pada perancangan sistem kendali dan tracking, Sistem kendali ini dirancang dengan sistem elektrik kendali yang memanfaatkan mikrokontroller, modul GPS dan modul magnetic kompas sebagai perangkat kendali navigasi. Selain dapat dikendalikan secara otomatis, boat sendiri dapat dikendalikan secara manual lewat sebuah aplikasi yang saling terhubung dengan media komunikasi bluetooth.
Pada tahap uji coba, dilakukan dengan menggunakan aplikasi yang telah terpasang pada smartphone sebagai pengendali manual boat dan tampilan informasi pembacaan dari sistem. Berdasarkan pengujian pembacaan kordinat, tingkat akurasi GPS didapatkan tingkat akurasi sebesar sejauh 4.8 meter. Berdasarkan pengujian sensor kompas, didapatkan error pembacaan rata-rata 6° dengan nilai error terbesar 11.1°. Berdasarkan pengujian sistem navigasi (waypoint), didapatkan tingkat akurasi sistem sejauh 10,8 meter. Jarak komunikasi bluetooth dalam berkomunikasi sejauh 12 meter.
Kata kunci : Navigasi, Waypoint control,Mikrokontroler, GPS, Kompas.