Dinamika molekuler merupakan simulasi evolusi waktu dari dinamika suatu molekul/partikel, hal ini dilakukan dengan bantuan aproksimasi numerik yang berdasar pada hukum-hukum fisika. Dalam menentukan pergerakan partikel digunakan hukum-hukum fisika yang memenuhi kaidah interaksinya, kemudian digunakan aproksimasi numerik untuk mendekati solusi eksaknya. Aproksimasi tersebut dilakukan karena sulitnya menemukan solusi analitik dari suatu permasalahan partikel/molekul jamak. Sebagian besar dari simulator dinamika molekuler menyelesaikan persamaan gerak pada Hukum Newton menggunakan metode integrasi numerik Velocity Verlet yang dijalankan secara serial/sekuensial. Namun dengan meningkatnya kompleksitas dari sistem, seperti jumlah partikel maupun skala waktu yang lebih besar, simulasi dinamika molekuler membutuhkan waktu komputasi yang lama. Dalam mejawab tantangan tersebut, pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekuler dengan menggunakan metode integrasi Velocity Verlet dan Leapfrog secara paralel. Teknik pemrograman parallel di implementasikan dengan menggunakan bahasa Compute Unified Device Architecture (CUDA) dan OpenMP. Dengan menjalankan simulasi secara parallel, simulasi dinamika molekuler yang menggunakan metode integrasi Velocity Verlet dan Leapfrog rata-rata 2.7 kali lebih cepat. Sebagai pembanding, dalam penelitian ini kami juga menjalankan simulasi secara paralel menggunakan OpenMP dan mendapatkan speedup rata-rata 2.2 kali. Dalam penelitian ini kami menemukan peningkatan kinerja perhitungan untuk simulasi yang dijalnkan secara parallel, baik itu pada implementasi dengan memanfaatkan aristektur manycore maupun multicore.