Di dalam Al-Quran terdapat kandungan ayat yang berbeda-beda, maka sangatlah penting untuk memahami ayat Al-Quran. Al-Quran terdiri atas 30 juz, 144 surat, 6236 ayat, dan 77845 kata. Banyak ayat dan kata yang terdapat pada Al-Quran, untuk mempermudah umat muslim dalam mempelajari ayatmaka perlu dilakukan pengklasifikasian terhadap ayat Al-Quran. Pada penelitian ini dilakukan klasifikasi multi label ayat Al-Quran berdasarkan topik-topik yang ada. Perancangan sistem dilakukan dengan menggunakan dua metode yaitu convolutional long short term memory (C-LSTM) dan bidirectional long short term memory (Bi-LSTM) yang mampu mengklasifikasikan ayat kedalam kelompoknya masing- masing. C-LSTM mampu mengungguli Bi-LSTM pada hampir setiap skenario. Nilai hamming loss terbaik yang diberikan C-LSTM sebesar 0.09985, dan Bi-LSTM 0.10122 pada skenario 90% data latih dan dropout.