Indonesia merupakan negara kepulauan terbesar di dunia dengan wilayah lautan 70% dari seluruh wilayah Indonesia menjadikan transportasi laut sebagai urat nadi perekonomian nasional. PT PELNI sebagai perusahaan pelayaran mengoperasikan sekitar 26 kapal penumpang, yang setiap harinya bisa mengangkut ratusan penumpang. Dengan banyaknya pelayaran, dibutuhkan sebuah sistem yang dapat merekam keseluruhan data pelayaran dan memberikan rute paling terbaik untuk setiap kapal, oleh sebab itu dengan menggunakan Route Management System Berbasis Website dapat memberikan analisa rekam data pelayaran yang menghasilkan rute dan jadwal yang terbaik untuk pelayaran setiap kapal. Rute yang paling optimal atau terbaik dipilih berdasarkan pendapatan dan pengeluaran yang diharapkan dapat meningkatkan penghasilan setiap pelayaran. Dalam pengembangannya aplikasi ini menggunakan metode Agile.
Kata Kunci: Route Management System, Pelayaran, Website, Kapal.