Penelitian ini dilatar belakangi adanya potensi dari sektor Kelautan dan Perikanan yang sangat besar namun masih belum dioptimalkan dan belum menjadi konsentrasi pemerintah sebelumnya. Pendapatan PDB Nasional pada sektor Kelautan dan Perikanan hanya mencapai 4% dari total keseluruhan PDB Nasional ssedangkan potensi pada sektor ini sangat besar sehingga sangat disayangkan jika tidak dioptimalisasikan. PT. Aruna Jaya Nuswantara menghadapi permasalahan dari eksternal perusahaan seperti masalah teknologi bagi nelayan sebagai mitra dan pemasok utama perusahaan, cuaca ekstrim yang dapat mengganggu dan mempengaruhi umlah hasil tangkapan dari nelayan, serta mulai bermuculannya pemain-pemain baru pada industri yang sama. Sedangkan untuk permasalahan internal yang dialami perusahaan berupa masalah distribusi produk, dan varian produk yang belum banyak.
Perumusan strategi dilakukan dengan pendekatan manajemen strategi yaitu terdap tiga tahap yaitu input stage, matching stage dan decision stage. Input stage dilakukan dengan menggunakan matriks IFE dan EFE, sedangkan matching stage menggunakan matriks SWOT dan Matriks IE dan decision stage menggunakan matriks QSPM. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif kualitatif dan kuantitatif, dimana kuantitatif digunakan untuk memfasilitasi kualitatif. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling dengan jumlah narasumber sebanyak 6 orang yang berasal dari internal, pesaing perusahaan, pelanggan, dan asosiasi di industri Kelautan dan Perikanan. Dalam penelitian ini digunakan uji credibility melalui triangulasi dan pengecekan anggota untuk menguji instrumen wawancara.
Hasil penelitian ini menunjukan skor Matriks EFE sebesar 2,65 dan skor Matriks IFE sebesar 3,05, sehingga posisi PT. Aruna Jaya Nuswantara dalam Matriks IE berada pada kuadran IV, yaitu strategi grow and build. Pada Matriks QSPM yang menjadi strategi prioritas dengan skor TAS 1,731 yaitu strategi integrase ke belakang melalui mengembangkan bisnisnya untuk meningkatkan kendali atas pemasok khususnya koperasi nelayan dinilai sebagai prioritas strategi yang akan dilakukan PT Aruna Jaya Nuswantara guna mengembangkan bisnisnya.